《中華人民共和國海關加工貿易貨物監管辦法》明確，來料加工是指進口料件由境外企業提供，經營企業不需要付匯進口，按照境外企業的要求進行加工或者裝配，只收取加工費，制成品由境外企業銷售的經營活動。
進料加工，是指進口料件由經營企業付匯進口，制成品由經營企業外銷出口的經營活動。由此可見，兩者相同之處在于都是“兩頭在外”，原材料均從國外進口。差異之處主要涉及進口料件所有權和客戶，對應的稅務處理不一致。
來料加工方式下，原材料由境外企業免費提供，無需付匯購買，進口料件所有權屬于境外委托企業，產生的風險由委托企業承擔，加工企業僅以加工費為收益。來料加工方式下，進口和出口一般是同一客戶，簽訂一份合同即委托加工合同。
一般情況下，進料加工方式購進料件和銷售出成品是兩筆獨立交易，原材料購進需要境內企業付匯購買，進口料件所有權歸境內企業，且境內企業自行承擔可能出現的風險，并以產成品利潤為收益。
基于此，進料加工進口原材料和出口產成品的客戶可以不同，各作各價，分別簽訂進口合同和出口合同。
稅務處理
由于來料加工和進料加工存在的明顯不同，二者的稅收處理也不同。
根據《財政部 國家稅務總局關于出口貨物勞務增值稅和消費稅政策的通知》（財稅〔2012〕39號）、《國家稅務總局關于發布〈出口貨物勞務增值稅和消費稅管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2012年第24號）相關規定，來料加工的出口貨物、加工企業取得的加工費實行增值稅免稅政策。在加工環節中耗用的國內配件、輔料、水、電等進項稅額不得從銷項稅額中抵扣，應計入生產成本，轉出的進項稅額填入進項稅額轉出額一免稅項目用欄次。
進料加工一般納稅人企業實行增值稅退（免）稅政策，生產企業實行免抵退稅政策，即出口環節免征增值稅，相應的進項稅額抵減應納增值稅額，未抵減完的部分予以退還。同時，外貿企業實行免退稅政策。小規模納稅人實行出口免稅。對于根據國務院決定明確取消出口退（免）稅的貨物，實行增值稅征稅政策。
案例詳解
A企業是一家具有進出口經營權的生產企業，為一般納稅人，該企業為境外客戶加工一批貨物，該貨物加工后復出口的貨物換算為人民幣的總價格為183萬元，收取加工費15萬元。
假設貨物全部出口，其加工所耗用國內購進的輔料及其他費用進項稅額為0.07萬元（已認證抵扣）。在本案例中，A企業采用的就是來料加工貿易方式，出口貨物免征增值稅，耗用國內購進的輔料及其他費用進項稅額不予抵扣，應作進項稅額轉出處理。
B企業是一家具有進出口經營權的生產企業，為一般納稅人，當月準予抵扣的進項稅額為7萬元。該企業采用進料加工方式，當期進口保稅料件金額143.5萬元，出口貨物離岸價折合人民幣為205萬元，期初留抵稅額為0，出口貨物征稅率13%，退稅率13%，計劃分配率為70%（與手冊核銷時實際分配率一致）。
由于B企業采用進料加工貿易方式，出口貨物實行免抵退稅方式，當期期末留抵稅額7萬元，當期免抵退稅額=當期貨物出口離岸價x退稅率-當期貨物出口離岸價x退稅率x計劃分配率（實際分配率），手冊核銷影響忽略不計。
當期免抵退稅額=205x13%-205x13%x70%=7.995萬元
由于留抵稅額小于免抵退稅額，則退稅7萬元，免抵稅額0.995萬元。
針對上述案例，從事來料加工委托加工業務的出口企業，應當在海關辦結核銷手續的次年5月15日前，辦理來料加工出口貨物免稅核銷手續；進料加工出口的生產企業，應于每年4月20日前，向主管稅務機關申請辦理上年度海關已核銷的進料加工手冊（賬冊）項下的進料加工業務核銷手續。4月20日前未進行核銷的，對該企業的出口退（免）稅業務，主管稅務機關暫不辦理，在其進行核銷后再辦理。