根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十二條規定，納稅人未按照規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金。另根據《中華人民共和國行政強制法》第四十五條第二款規定：加處罰款或者滯納金的數額不得超出金錢給付義務的數額。根據上述法律文件規定，稅收滯納金能否超過稅款本金，各地稅務局均有回復，其中湖北省稅務局12366納稅服務處2023-08-29回復說：稅收滯納金本質上是稅收征收行為，稅收征管法中的罰款是行政處罰行為，二者均不是行政強制法所規定的“加處罰款及滯納金”行為，不適用行政強制法，因此二者均可以超過欠繳稅款的金額。那么根據12366的這個回復，得出的結論是：滯納金是可以超過欠繳稅款的本金。稅務局認為稅收滯納金本質上屬于利息，具有補償性功能。具體來講是因納稅人、扣繳義務人沒有按期繳納稅款或解繳稅款而占用國家稅款所支付的一種補償。法院對稅收滯納金是否可以超過本金的問題持有不同的態度。最高人民法院公布的參考案例-國家稅務總局南京市某區稅務局訴南京某公司破產債權確認糾紛案[(2023)蘇01民終6513號]江蘇省南京市中級人民法院在二審裁判要旨中明確：稅務機關針對滯納稅款加收滯納金的行為，屬于依法強制納稅人履行繳納稅款義務而實施的行政強制執行，應當適用行政強制法第四十五條第二款的規定，加收的滯納金數額不得超出稅款數額。在實務中，也有一些稅務局會依據行政強制法來處理。同時，一些法院會依據行政強制法進行判決，大致說法是：超過本金的加收滯納金的稅務處理決定違法，應予撤銷。不過值得提醒大家注意的是，也不是所有的法院針對類似案件的判決結果都是支持：滯納金不可以超過稅款這一結論的。從近幾年的判決書，會發現，更多的法院選擇了支持滯納金可以超過稅款這一結論。所以，大多數情況下，納稅人如果發生滯納金超過稅款的情形，稅務局機關會按照征管法規定，無上限的加收滯納金。此外，征管法屬于特殊法，行政強制法屬于一般法，特殊法優于一般法的原則下，稅收滯納金，也應遵循征管法的規定。更何況，稅收滯納金之所以產生，是因為納稅人未能及時、全額繳納稅款產生的，具有一定的利息屬性。如果允許滯納金不得超過稅款本金，那么還可能導致一種結果：欠得越久，經濟上會越劃算，這樣明顯不公平合理。
